RではR markdownという機能を使うことで、データ整理から、データ解析、グラフ描画、レポート作成まで、一貫して行うことができます。
そんな便利なR markdownですが、出力する際に使うknitという機能が、元々うまくいっていたのに、なぜか時々、うまく動かないときがあります。
そんなわけで今回はR markdown を使っていて、knitがうまくできないときに試してみるとよいことを紹介します。
なお、これらの全てが解決につながるかはわかりませんが、筆者が試行錯誤しているときにうまくいったケースとして、
- エラー文を見る
- パスに日本語が含まれていれば、アルファベットに変える
- 作業フォルダを動かしてみる
を紹介します。
なお、R markdownの使い方は、以下の書籍がとてもわかりやすくおすすめです。
（私が持っているのは、第1版でしたがR markdownだけでなく、tidydataについての説明や、ggplotによるグラフ化についても詳細に書かれていて、大変勉強になりました。）
エラー文を見る
まずは最も基本的でかつ、1番解決に近いものです。
エラー文を見てみると、importされてないパッケージの問題であったり、逆にパッケージ同士が干渉しあったためうまく動かないなど、様々なことがわかります。
また、エラー文は英語で書かれていることが多いですが、deeplなどに記述内容を入れればどういったことが書かれているかもなんとなくわかると思いますし、文面をGoogleの検索窓に入れるだけで同じような悩みに直面した人の投稿を見ることができるかもしれません。
パスに日本語が含まれていれば、アルファベットに変える
もし上記でも解決しない場合は色々と試行錯誤する形になります。
特にあるのが文字化け問題です。
データやRのスクリプトの入ってるファイルまでのパスに日本語が含まれている場合、knitする段階でそららのパスが文字化けしてしまっている可能性があります。
(なんとなくですが、Windowsはそういった問題が多い気がします)
そのため、関連するフォルダまでのパス中にあるフォルダやファイルについて、日本語名で作っているフォルダ名はいったん全てアルファベット表記にしてみるとそれだけで直る可能性があります。
作業フォルダを動かしてみる
最後に、これは筆者が実際に解決したケースなのですが、作業フォルダを動かすだけで解決する場合がありました。
例えば、作業フォルダがUSBメモリ上にある場合は、デスクトップ上にコピーして、作業をしてみるだけで解決する場合があります(逆もまた然り)。
もしこれで解決する場合は、実際のところ不明ですが、先述の内容にあるような、ファイルパスの違いが原因にあるかもしれません。
まとめ
この記事ではr markdownでknitがうまくいかない場合に試してみること
について紹介しました。
- エラー文を見る
- パスに日本語が含まれていれば、アルファベットに変える
- 作業フォルダを動かしてみる
1点目で解決する場合、原因が明らかとなり、気持ちもスッキリしますが、そうでなくても試行錯誤することで解決する場合があります。
この記事が少しでも役に立てば幸いです。
